その後、後藤は14年10月、自由党結成に関わり、常議員となる。翌年板垣と一緒に欧州視察を計画したが、その結党間もない時期の悪さと資金の出所が政府ではないかとの疑惑から、自由党内に紛議が起こる（洋行問題）。一連の騒動で批判の急先鋒だった馬場辰猪ら主力党員が常議員を辞職する結果となる。15年11月、２人は欧州へ出発し、後藤は仏、独、英各国を巡り、16年６月に帰国した。後藤が欧州でどのような行動をとり何に資金を使ったかについてはあまり明らかになっておらず、ベルリンで伊藤博文と面会したことや、パリでルイ・ヴィトンの鞄を買った記録が知られているくらいである。自由党は17年、資金計画の失敗などが原因で解党するに至った。

その頃、福澤は朝鮮留学生を慶應義塾に受け入れるなど朝鮮開化派を手厚く応援していた。その１人である金玉均（キムオッキュン）に浪人中の後藤を紹介し、金は外国からの借款と後藤の政府顧問就任を企図したが、17年12月の甲申事変で開化派は壊滅し幻となった。福澤だけでなく、後藤も開化派に対して相当の金銭的支援を行ったようだ。27年の日清戦争時にも朝鮮政府顧問として後藤を派遣する計画が持ち上がったが、これも実現しなかった。福澤は後藤が持ち場をなくすと常に活躍の機会を設定しようとした。それほど後藤の政治的資質を認めていたということだろう。

国会開設を３年後に控えた20年、三大事件建白運動が大同団結運動へと発展し、全国的に盛り上がりをみせる。

警視総監を務める三島通庸（みしまみちつね）はこの運動を警戒し、機密探偵を使って情報を集めていた。特に反体制的と見なす福澤や後藤の動向に神経を尖らせていた。探聞書によれば、後藤は慶應関係者の社交クラブである交詢社の大会で挨拶した際、政府を批判し、国会開設を前に交詢社員も準備することを呼びかけ、自らも「己ニ老タリト雖トモ、尚今一度楫取（かじとり）ト為テ、以テ我国ノ運命ヲ挽回セン」と政権掌握への意欲を見せた（寺崎修・都倉武之「史料機密探偵報告書／福澤派の動静ほか」『福澤諭吉年鑑』31）。恐らく三島は、国会開設前に交詢社に集う福澤派が政党化し、そこに大同団結運動の主導者として台頭した後藤が結びついたら、政府を倒す力をもつのではないかと疑ったのだろう。伊藤博文も後藤の演説を警戒し、「彼必ず円滑手段を以言論の中に針を為含」「能々御注意肝要」と述べている（伊東巳代治宛伊藤博文書簡『参考書誌研究』47、9頁）。

運動を鎮静化させるため、12月、政府は治安妨害や内乱陰謀の恐れのある者を皇居または行在所から三里外に追放できる保安条例を施行した。福澤と後藤の結びつきを警戒する三島は退去処分対象者リストの最も重い「満３年」に２人を記載した。結局、処分が厳しすぎるとのクレームが秘書官を通じて伊藤博文首相から出され、２人はリストから外された（寺崎修「保安条例と福澤諭吉」『福澤諭吉年鑑』22）。この時期に福澤と後藤が政府から最も強く警戒されていたことがわかる。ただし政府内には強硬策だけでなく、伊藤のように決定的な対立は避けようとする勢力もあった。

後藤は、黒田清隆内閣の逓信大臣就任を打診され、板垣ら数人に相談し、板垣の了承を得て入閣した。突然の話に民権家は困惑し、シンボルを失った運動は政社派と非政社派に分裂した。後藤の出世欲を批判する声があがったが、福澤は『時事新報』紙上で、政府は後藤の「故郷」で入閣は当然のことと評価した。その上で、「藩閥を排除し、磊々落々政治の主義を以て争論」することを期待した（『福澤諭吉全集』12、82-84頁）。その後山県有朋内閣、第１次松方正義内閣でも留任した後藤は、陸奥宗光とともに政党の人脈を生かし議会での多数派工作に従事した。側近の大江卓や大石正巳、井上角五郎、竹内綱らを動かし、政府と政党との橋渡し役を担った。政府との決定的な決裂を避け妥協の余地を探る政治手法は、福澤の官民調和論に通ずるものがあった。25年、第２次伊藤博文内閣で農商務大臣に就任したが、省内の汚職が問題となり、次官と商人との癒着に関して大臣としての監督責任を問う官紀振粛上奏案が議会で可決されたことを受け、27年大臣を辞任した。

その後、29年夏頃から後藤は心臓病を患い療養生活に入る。心配した福澤は秘書の三宅に後藤の病状を尋ね、気持ちを強く持つことが肝要だと伝えさせた。

結局、後藤は、30（1897）年８月４日、59歳で死去した。福澤は後藤の死を悼み、『時事新報』に弔文を載せた。その中には次のような一節がある。「若しも此人をして総理大臣の地位に当らしめ政府の全権を任せたらんには、国家100年の長計は兎も角も、踔励風発（たくれいふうはつ）、満前の障害物を一掃して一時天下の耳目を一新するの快断、必ず見る可きものありしならん」（『福澤諭吉全集』16、69頁）。福澤は後藤が総理大臣になって停滞する政治を一新することを期待していた。翌31年に隈板内閣（第１次大隈内閣）が成立したことを考えると、後藤が今少し長生きであったならば、あるいは福澤の夢は実現したかもしれない。

後年、後藤の銅像を芝公園に建てる計画が持ち上がり、発起人が福澤に相談したところ、「後藤は豪傑である、功臣である。…それを一個の小さな銅像にしてしまふとは言語道断」（『福澤諭吉伝』4、747頁）と怒った。結局銅像は建てられたが、第２次世界大戦中の供出により撤去され、現存しない。

※所属・職名等は本誌発刊当時のものです